Trình quản lý phân tử XML được sử dụng bởi Clone Manager, một chương trình sử dụng cho mô phỏng nhân bản, thao tác enzyme, đồ họa.chứa chuỗi dữ liệu, và phân tử tên và kích cỡcó thể chứa các ghi chú phân tử, mô tả, các vị trí enzyme, các điểm số nguyên tố, và tính năng.

Chú ý: Tập tin CX5 tương tự với tập tin.CM5 nhưng nó phù hợp hơn để trao đổi dữ liệu phân tử với các người dùng của Clone Manager khác.