由FMAT 8100 HTS系统（一种用于研究人类细胞的仪器）生成的图像；包含扫描的特定井或一整盘珠子的原始图像数据。

.CXI 图像可以通过三种不同的方式查看： 灰度-显示相对强度 直方图-显示显示相对强度的三维高度显示 双色-用选定的颜色显示染料A和B事件，但不显示相对强度 一旦创建，.CXI 图像文件将被放置在“Images”文件夹中。每个图像子文件夹包含每个扫描井的.CXI 图像文件。.CXI 图像文件将根据扫描井的位置命名。例如，Img02x0C.cxi表示图像数据是从第2列和第C行的井中获取的。 .CXI 图像可以通过FMAT程序导出为JPEG格式。选择文件→导出图像，从“查找范围”下拉菜单中选择要放置文件的文件夹，命名文件，然后单击保存。